Di usia 56 tahun, ia menikah dengan Elisabeth Poppius, putri seorang menteri. Mereka tidak memiliki anak. Di masa tuanya, kesehatannya memburuk akibat kerja seumur hidup dengan bahan kimia, termasuk gangguan ingatan dan asam urat yang membuatnya harus duduk di kursi roda. Ia juga hidup di masa ketika bahan kimia masih diidentifikasi melalui rasa, dan udara laboratorium penuh dengan uap beracun.
Jacob Berzelius wafat pada 7 Agustus 1848 di Stockholm pada usia 68 tahun. Ia dimakamkan di pemakaman Solna dan meninggalkan warisan besar dalam dunia ilmu pengetahuan. Ia dikenang sebagai salah satu pendiri kimia modern, orang yang membuat ilmu kimia menjadi ilmu pasti dan sistematis seperti yang kita kenal sekarang.[]