Selama tinggal di Rusia, Daniel menulis karya terkenalnya Hydrodynamica yang ia rampungkan pada 1733. Namun, karena masih merasa tidak betah tinggal di Rusia, ia kembali ke Basel pada tahun yang sama. Di sana, ia diangkat sebagai profesor anatomi dan botani. Salah satu insiden paling menyakitkan dalam hidupnya terjadi pada tahun 1734 ketika ia berbagi kemenangan Grand Prize dari Akademi Paris dengan ayahnya dalam bidang astronomi. Bukannya bangga, sang ayah malah marah dan memutuskan hubungan dengannya.
Yang lebih menyakitkan, Johann mencuri isi Hydrodynamica dan menerbitkannya dengan judul Hydraulica, lalu memalsukan tanggal agar seolah-olah ia yang lebih dulu menulis. Daniel sangat kecewa, apalagi buku itu merupakan hasil kerja kerasnya selama 10 tahun. Untungnya, dunia ilmiah mengakui bahwa ide-ide dalam buku itu adalah milik Daniel.
Salah satu teori penting dari buku tersebut adalah Efek Bernoulli, yang menjelaskan bahwa jika kecepatan fluida meningkat, maka tekanannya akan menurun. Teori ini kini digunakan untuk menjelaskan bagaimana sayap pesawat bisa mengangkat pesawat dari tanah. Tak hanya itu, Daniel juga mengembangkan teori kinetik gas dan menyumbangkan ide awal tentang partikel gas yang bergerak dengan kecepatan berbeda-beda, jauh sebelum teori Maxwell muncul. Ia bahkan mengembangkan teori pengukuran risiko, dan memperkenalkan konsep utilitas dalam ekonomi — yaitu bahwa nilai suatu barang tidak selalu sebanding dengan harganya, tetapi tergantung pada manfaatnya bagi setiap orang.