Meskipun memiliki banyak prestasi, Agassiz juga dikenal karena penolakannya terhadap teori evolusi oleh seleksi alam yang dikemukakan oleh Charles Darwin. Ironisnya, Darwin tetap menghargai ekspedisi Agassiz ke Amerika Selatan dan bahkan memuji hasil eksplorasinya di Selat Magellan. Di masa tuanya, Agassiz ingin mendirikan sekolah untuk mempelajari kehidupan laut. Seorang dermawan memberinya pulau kecil bernama Penikese dan dana besar untuk membangun sekolah tersebut. Sayangnya, sekolah itu tidak bertahan lama setelah kematian Agassiz pada 14 Desember 1873.
Warisan Agassiz sangat besar. Ia menunjukkan bahwa ilmu pengetahuan tidak hanya berkembang di laboratorium, tetapi juga melalui pengamatan langsung di alam. Ia membuktikan bahwa jejak masa lalu Bumi — dari fosil ikan hingga gletser — menyimpan cerita penting tentang perubahan lingkungan dan kehidupan. Dalam kata-katanya yang sederhana namun penuh makna, ia menulis: “Saya telah mendedikasikan seluruh hidup saya untuk mempelajari Alam, dan satu kalimat saja cukup untuk menjelaskan semua yang telah saya lakukan: Saya menunjukkan bahwa urutan kemunculan ikan dalam sejarah Bumi sesuai dengan tahapan pertumbuhannya di dalam telur — hanya itu.”