Setelah ayahnya meninggal, Boyle mendapatkan warisan berupa rumah besar dan lahan luas di Inggris dan Irlandia. Namun, saat kembali ke Inggris pada usia 17 tahun, negaranya tengah dilanda perang saudara. Boyle memilih menjauh dari konflik dan menghabiskan waktunya untuk menulis buku tentang moralitas dan mendalami sains secara mandiri. Ia bahkan mulai bereksperimen di laboratorium kecil yang ia bangun sendiri. Seperti ilmuwan pada zamannya, ia pun mencoba praktik alkimia, meski akhirnya menyadari bahwa pencarian batu filsuf hanyalah ilusi.
Zaman hidup Boyle memang masih sangat takhayul. Banyak orang percaya pada sihir dan dukun, dan bahkan ratusan wanita dihukum mati karena dituduh sebagai penyihir. Namun, Boyle tetap teguh pada pendekatan rasional dan eksperimental. Ia mulai aktif dalam kelompok ilmiah bernama Philosophical College, yang menjadi cikal bakal Royal Society. Setelah sakit parah dan penglihatannya melemah, ia tetap semangat melakukan penelitian dengan bantuan asisten yang menulis dan membaca untuknya.